Jamaah Islamiyah disyakki terlibat di dalam [[Pengeboman Bali]] pada 12 Oktober, 2002 yang mengorbankan 202 orang di beberapa buah kelab malam di sana. Selepas serangan tersebut, Jabatan Negara Amerika Syarikat telah mengklasifikasikan Jamaah Islamiyah sebagai sebuah Organisasi Pengganas Antarabangsa atau ''Foreign Terrorist Organization''. Jemaah ini juga dituduh melancarkan beberapa serangan di Asia Tenggara seperti letupan bom di [[Zamboanga]] dan [[Metro Manila]], di [[Filipina]] dan yang paling baru letupan di kedutaan Indonesia pada [[2004]].
==Dibebaskan==
Pada [[19 Disember]] [[2007]], empat anggota Jemaah Islamiah di Malaysia telah dibebaskan dari Kem Tahanan ISA di [[Kamunting]], [[Perak]] . Mereka ialah Bakkery Mahhamud, [[Mohamad Zamri Sukirman, Sabri Jaafar dan Zamzuri Sukirman. Mereka ditahan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA) antara Disember 2002 dan Januari 2003 kerana dipercayai terbabit dalam pengeboman Bali 2002 dan mempunyai rangkaian dengan kumpulan pengganas antarabangsa al-Qaeda.<ref>http://www.bernama.com/bernama/v3/bm/news.php?id=305034</ref> Di bawah akta ini, seseorang yang disyakki oleh pihak polis terbabit dalam keganasan dan jenayah tidak perlu dibicarakan di mahkamah . Pihak polis tidak perlu mengemukakan sebarang bukti kesalahan mereka. Lantaran itu tahanan tidak mengetahui kesalahan mereka secara khusus untuk tujuan pembelaan.
