Pencari kebenaran selalu mempunyai banyak penentang. (Lukas 21:15) Salah satu dari antara sekian banyak musuh Servetus adalah [[John Calvin]], yang telah mendirikan sebuah negara Protestan yang autoritarian di Geneva. Menurut sejarawan [[Will Durang]], "kediktatoran [[Kalvin]Calvin] tidaklah dipengaruhi oleh undang-undang atau kekerasan melainkan oleh kehendak dan keperibadiannya yang kuat," dan KalvinCalvin "sama mutlaknya dengan paus manapun dalam menolak kepercayaan individu".
Servetus mungkin bertemu dengan KalvinCalvin di Paris sewaktu mereka masih muda. Sejak awal sudah ada pertentangan keperibadian di antara mereka, dan KalvinCalvin menjadi musuh Servetus yang sengit. Walaupun KalvinCalvin seorang pemimpin Reformasi, akhirnya ia menuduh Servetus di hadapan Inkuisisi Katolik. Servetus berhasil lolos dari Perancis dengan susah payah, hanya patungnya atau tiruannya yang dibakar. Namun, ia dikenali dan dipenjarakan di sempadan Geneva. Di daerah itu, ucapan KalvinCalvin merupakan undang-undang.
KalvinCalvin melayan Servetus dengan kejam di penjara. Tetapi, sewaktu berdebat dengan KalvinCalvin selama pengadilannya, Servetus menawarkan untuk mengubah pandangannya asalkan penentangnya boleh memberikan alasan berdasarkan Alkitab untuk meyakinkan dia. KalvinCalvin tidak berjaya melakukannya. Setelah diadili, Servetus divonis untuk dibakar di tiang. Menurut beberapa sejarawan, Servetus adalah satu-satunya penentang di bidang agama yang patungnya dibakar oleh orang Katolik dan orangnya sendiri dibakar hidup-hidup oleh orang Protestan.
