Apabila [[Perang Dunia Kedua]] meletus, beliau memimpin ''[[Luftflotte 3]]'' (Armada Udara Ke-3) Jerman. Unit ini tidak terbabit semasa kempen Poland, tetapi digunakan dari bulan Mei dan seterusnya di [[Perancis]], memainkan peranan penting sebagai unit sokongan pengebom taktikal. Pada Julai 1940, beliau dilantik sebagai ''[[Fil Marsyal|Generalfeldmarschall]]'' Luftwaffe semasa didalam [[Majlis Fil Marsyal 1940]]. Armada Udara Ke-3, ditempatkan di utara Perancis, memainkan peranan penting dalam [[Pertempuran Britain]], dari Jun 1940 hingga Oktober 1940 dan [[The Blitz]], hingga Mei 1941. Pada September Sperrle terbabit dalam perdebatan hangat dengan komander Luftwaffe yang lain, terutamanya dengan Panglima Tertingginya [[Hermann Goering]], menyokong penerusan serangan terhadap lapangan terbang British dan [[Tentera Udara Diraja]] bagi memastikan kejayaan pencerobohan Britain. Bagaimanapun, Göring mengarah satu perubahan pada strategi Luftwaffe, bertukarmenukar bagiserangan menyerangkeatas bandar-bandar British (yang memiliki kesan tidak sengaja bagi meringankan tekanan Jerman terhadap RAF). Pasukannya terus mengebom Britain sehingga musim gugur tahun 1941.<ref name=w45/>
Beliau kekal bersama unitnya di Perancis bagi 3 tahun berikutnya, hidup dengan mewah di [[Istana Luxembourg]]. Peranan utamanya dalam perang, bagaimanapun telah tamatberakhir. DiaBeliau menyokong [[Erwin Rommel]] semasa [[Kempen Afrika Utara]] dan akhirnya mengambil alih pemerintahan pasukanpenuh angkatan tentera udara Jerman di [[Eropah TimurBarat]] pada tahun 1944, sejurus bebelumsebelum [[Pertempuran Normandy|pendaratan BerikatBersekutu di Eropah Barat]]. Pasukannya terjejas teruk akibat kekurangan kapal terbang, krew berpengalaman, dan bahan api yang teruk. Sungguhpun pada awalnya penyokong Nazi, diabeliau semakin kecewa dengan usaha perang Jerman. Semasa pendaratan[[Pertempuran Normandy|D-Day]] diabeliau hanya memiliki 319 kapalbuah terbangpesawat yang beroperasi yang tinggal bagi menentang armada pihak BerikatBersekutu lebih dari 9,000 kapal terbang. Akibat ketidakupayaannyaketidakupayaan unitnya bagi menghalang pendaratan pasukantentera BerikatBersekutu, diabeliau disingkirkan sebagaidari komanderpemerintahan pada Ogos 1944.<ref name=w46>Williamson (2006), p. 46</ref>
FieldFil MarshalMarsyal Sperrle ditawan oleh Berikatpihak Bersekutu dan dituduhdidakwa dengan tuduhan jenayah perang dalam [[Perbicaraan PemerintahPegawai Tertinggi]] dalamdi [[Perbicaraan Nuremberg|Perbicaraan Nuremberg BerikutnyaTerkemudian]] tetapi dibebaskan. Selepas perang, diabeliau tinggalhidup secara diam-diamsenyap dan meninggal dunia di [[Munich]] pada tahun 1953.<ref name=w46/>
