Sultan Jaafar mangkat di Durian Sebatang pada tahun 1865, semasa Perang Larut kedua. BeliauBaginda telah dimakamkan di Pulau Juar dan telah diberi bergelar '''Marhum Waliullah'''. Almarhum mempunyai isu termasuk Raja Abdullah (dari perkahwinan Almarhum untuk Wan Ngah Mahtra), yang kemudiannya menjadi ke-26 Sultan Perak, dan Raja Musa (dari perkahwinan Almarhum untuk Che 'Alang AMA), kemudian Raja Muda semasa pemerintahan [[Sultan Idris Murshidul Aadzam Shah ibni al-Marhum Raja Bendahara Alang Iskandar|Sultan Idris I]].
