Pada pilihan raya 2013, Mukhriz melepaskan kerusinya di parlimen persekutuan untuk bertanding di kerusi Dewan Undangan Negeri(DUN) Ayer Hitam. Langkah itu diambil dengan tujuan untuk menjadi Menteri Besar Kedah jika Barisan Nasional boleh mengalahkan kerajaan negeri Pakatan Rakyat yang diketuai oleh Azizan Abdul Razak. Mukhriz menang Ayer Hitam mengalahkan Parti Islam Se-Malaysia ( PAS), merampas semula kerajaan negeri Barisan Nasional, dan Mukhriz mengangkat sumpah sebagai Menteri Besar pada 6 Mei, sehari selepas pilihan raya, di hadapan ayahnya.<ref>[http://www.sinarharian.com.my/politik/mukhriz-angkat-sumpah-sebagai-mb-kedah-1.157563 Mukhriz angkat sumpah sebagai MB Kedah]</ref> Pada 3 Februari 2016, beliau mengumumkan meletakkan jawatan sebagai Menteri Besar selepas majoriti ADUN BN mengisytiharkan mereka hilang kepercayaan terhadap kepimpinan beliau.
