Al-Hakim telah mengekalkan minat di dalam organisasi dan operasi mazhab Ismailiah yang berpusat di Kaherah. Semasa pemerintahannya mazhab ini telah disebarkan ke kawasan jajahan takluk Fatimiyah di [[Iraq]] dan [[PersiaParsi]]. Di Iraq, mereka telah menumpukan perhatian untuk mendapatkan sokongan daripada beberapa gabenor awam dan ketua puak yang berpengaruh untuk menentang kerajaan Abbasiyah. Tokoh mazhab Fatimiyah yang beroperasi di kawasan timur untuk tempoh ini adalah [[Hamid al-Din Kirmani]], seorang ahli falsafah dan ahli teologi di dalam zaman pemerintahan kerajaan Fatimiyah. Aktiviti Kirmani dan kumpulan lain kemudiannya membawa kepasa unsur konkrit di Iraq. Pada tahun 1010, pemimpin [[Mosul]], [[Kufa]] dan bandar-bandar lain telah mengakui kekuasaan kerajaan Fatimiyah.
