Pada tahun 1974, Suharto merekrut Habibie untuk kembali ke Indonesia sebagai sebahagian daripada usaha Suharto untuk mengusahakan dan membangunkan negara. Habibie pada mulanya berkhidmat sebagai pembantu khas kepada Ibnu Sutowo, Ketua Pegawai Eksekutif syarikat minyak negeri Pertamina. Dua tahun kemudian, pada tahun 1976, Habibie telah dijadikan Ketua Pegawai Eksekutif Industri Industri Pesawat Terbang Nusantara (IPTN).<ref name="O'Rourke1402Rourke140" /> (Pada tahun 1985, PT Nurtanio menukar namanya ke Industri Penerbangan Indonesia dan kini dikenali sebagai Aeroangkasa Indonesia (Dirgantara)). Pada tahun 1978, beliau dilantik sebagai Menteri Penyelidikan dan Teknologi. Beliau terus memainkan peranan penting dalam industri "strategik" IPTN yang lain dalam jawatan ini.<ref name="O'Rourke1403Rourke140" /> Menjelang tahun 1980-an, IPTN telah berkembang dengan ketara, yang mengkhusus dalam pembuatan helikopter dan pesawat penumpang kecil; pada tahun 1991, Habibie menyelia sepuluh industri milik kerajaan termasuk pembinaan kapal dan kereta api, keluli, senjata, komunikasi, dan tenaga.<ref name="O'Rourke1404Rourke140" /> Anggaran 1993 menentukan bahawa anggaran menggunakan hampir $ 2 bilion setahun dalam pembiayaan negara, walaupun amalan perakaunan buram kerajaan menunjukkan bahawa saiz industri tidak sepenuhnya diketahui.<ref>{{cite book|title=The Economist|date=17 April 1993}}</ref>
Habibie menjadi juruterbang, dibantu oleh A.B. Wolff, bekas ketua kakitangan Angkatan Udara Belanda. Pada tahun 1995, beliau menaiki pesawat komuter N-250 (digelar Gatotkoco).
