D.Y.M.M Tuanku Ja'afar mangkat pada pukul 11.:45 pagi hari Sabtu, 27 Disember 2008 di [[Hospital Tuanku Jaafar]], [[Seremban]] pada usia 86 tahun kerana serangan angin ahmar. Dilaporkan bahawa baginda mengadu kurang sihat dan sakit kepala pada pukul 8.:10 pagi. Pihak hospital tersebut telah dihubungi dan dua Pakar Perunding Kanan HTJ, Datuk Dr. Tarmizi Thayaparan dan Datuk Dr. K. Sree Raman telah bergegas ke Istana Hinggap di Seremban untuk memberikan rawatan kepada Tuanku. Jenazah baginda telah dibawa ke Istana Hinggap Seremban untuk majlis penghormatan terakhir dan dimakamkan di Makam Diraja Seri Menanti pada 2829 Disember 2008.<ref name=nst/>
Tempoh Perkabungan berikutan kemangkatan baginda juga dilaksanakan selama 40 hari, bermula hari kemangkatan baginda.<ref name=nst />
