Satu kontroversi utama dalam program imunisasi ini ialah dakwaan sesetengah pihak kenamaan yang mahu sengaja melanggar giliran pemerolehan vaksin untuk divaksin secepat mungkin, atau dalam istilah lazim, "memotong barisan"<ref>{{cite web|url=https://www.bernama.com/bm/am/news_imunisasi.php?id=1937240|title=Polis terima laporan berhubung dakwaan 'potong barisan'|website=Bernama|date=3 Mac 2021|access-date=5 Mac 2021}}</ref> untuk memperoleh vaksin tanpa menghiraukan pihak barisan hadapan yang sepatutnya didahuluhkan. Satu kes utama ialah dakwaan ahli Setiausaha Kerajaan Kelantan (SUK) yang memotong barisan giliran pemvaksinan lalu menyebabkan sesetengah pegawai perubatan dipinggirkan daripada divaksin terlebih dahulu; dakwaan ini disahkan sebagai berita palsu oleh pihak kerajaan negeri.<ref>{{cite web|url=https://harakahdaily.net/index.php/2021/02/28/vaksin-ahli-suk-kelantan-potong-barisan-fitnah/|title=Vaksin: Ahli SUK Kelantan ‘potong barisan’ fitnah|date=28 Februari 2021|access-date=5 Februari 2021|website=Harakah Daily}}</ref> Meskipun begitu, pelbagai pihak berusaha dalam menanangi isu ini, dengan denda sebanyak-banyaknya RM50,000 atau penjaran enam bulan atau kedua-duanya dikenakan kepada mana-mana pihak yang ingin melakukan tindakan sedemikian.<ref>{{cite web|url=https://www.astroawani.com/berita-malaysia/sabah-tidak-layan-pihak-berhasrat-potong-barisan-dapatkan-vaksin-covid19-285478|title=Sabah tidak layan pihak berhasrat 'potong barisan' dapatkan vaksin COVID-19|website=Astro Awani|date=2 Mac 2021|access-date=5 Mac 2021}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.malaysiakini.com/news/565190|title=Potong barisan vaksin: Denda RM50,000, penjara 6 bulan - Dr Adham|date=4 Mac 2021|access-date=5 Mac 2021|website=Malaysiakini}}</ref>
