Hatoyama lahir di di [[Bunkyo]], [[Tokyo]].Beliau merupakan seorang jutawan dari keluarga berpengaruh. Keluarganya menerima jolokan "Keluarga Kennedy Jepun". Datuknya [[Kazuo Hatoyama]] pernah menjadi ahli DPR dan terpilih ke Diet Jepun 1896-1897 selama era [[Meiji]] . Kazuo kemudian berkhidmat sebagai Presiden [[Universiti Waseda]]. Seorang lagi datuknya [[Ichiro Hatoyama]] pernah menjadi perdana menteri Jepun dan pengasas Parti Demokratik Liberal. Ayahnya [[Iichirō Hatoyama]] pernah menjadi Menteri Luar Negeri. Ibunya, Yasuko Hatoyama anak Shojiro Ishibashi, pengasas [[Bridgestone Corporation]].
Adiknya Kunio Hatoyama pernah menjadi Menteri Dalam Negeri dan Komunikasi di bawah Perdana Menteri [[Taro Aso]] hingga 12 Jun 2009. Adik iparnya Emily Hatoyama adalah seorang tokoh TV di Jepun.
Sesetengah pihak menggelar Hatoyama 'The Alien'. Isterinya Miyuki HatoyamHatoyama mendakwa telah mengembara ke [[Venus]] menaiki [[UFO]].Dia Beliau sangat percaya kepada kuasa spiritroh.<ref>[http://blogs.wsj.com/japanrealtime/2010/06/02/hatoyama-reveals-humorous-alien-side/ Hatoyama Reveals Humorous, Alien Side]</ref> Miyuki mendakwa pernah bertemu pelakon Amerika Syarikat (ASS) [[Tom Cruise]]. Pelakon itu membintangi filem [[The Last Samurai]] pada 2003 yang lokasi penggambarannya di Jepun. <ref>[http://www.utusan.com.my/utusan/info.asp?y=2009&dt=0904&pub=Utusan_Malaysia&sec=Luar_Negara&pg=lu_07.htm Isteri bakal PM Jepun seorang unik]</ref>
