Masalah pokok yang menyebabkan Perpecahan Besar adalah soalan tentang kepaderian (bahasa Inggeris: ecclesiology). Terdapat ramai uskup dalam dalam gereja, dan di Timur, Paus dianggap sebagai "yang pertama diantaradi antara mereka yang setaraf". Akan tetapi Rome mendakwa Paus sebagai satu-satunya pengganti [[Peter]] ("the only remaining Apostolic see"), orang nombor satu di antara hawariyun. Pada mulanya Gereja Ortodoks tidak kisah mengenai Paus yang mahu berkuasa ke atas Barat selagi kuasanya hanya terbatas di Barat. Tetapi Paus juga berhasrat menguasai Gereja di Timur dan cuba menggunakan kuasanya ke atas Patriaki timur. Dalam surat yang ditulis pada tahun 865 oleh Paus Nicholas mendakwa Paus berkuasa ke atas seluruh dunia, iaitu, ke atas setiap gereja. Paus Nicholas pergi lebih jauh dengan kuasanya seperti yang dinyatakan dalam Kanun 111 Majlis Sardica (tahun 343) apabila dia membatalkan satu keputusan dan memerintahkan pembicaraan semula Photius dan Santos Ignatius, dua orang Patriak dari Constantinople. Ini terjadi disebabkan satu petisyen oleh penyokong Ignatius. Walau bagaimanapun tidak semua Paus selepas Nicholas bersikap ekstrem sehingga Paus Leo IX. Pada tahun 1053, Cerularius cuba untuk menjalinkan hubungan baik dengan Paus Leo IX selepas perbalahan, satu dokumen [[pengucilan]] dihantar ke Constantinople dan kedua-dua Gereja mengucil antara satu sama lain.
