Walaupun demikian, beberapa pemimpin Parti Rakyat Malaysia tidak menyetujui penggabungannya kepada sebuah entiti lain yang baru. Pada [[17 April]] [[2005]], ahli Parti Rakyat Malaysia yang menentang penggabungan ini mengadakan Kongres Nasional di [[Johor Bahru]] dan dipilih menerusi kepimpinan baru bagi mengatasi pergelutan parti. Ini menyebabkan 8 orang bekas pemimpin PRM yang telah bergabung denganmenyertai PKR, antaranya timbalan presiden PKR Dr. [[Syed Husin Ali]] (bekas presiden PRM), naib presiden PKR dan ahli pahlimen [[Subang Jaya]] [[R. Sivarasa]] (bekas naib presiden PRM) dan ahli jawatankuasa pusat PKR Dr. [[Sanusi Othman]] (bekas setiausaha agung PRM), naib ketua pemuda PKR [[Faizal Sanusi]] (bekas Ketua Angkatan Muda PRM), ketua penerangan PKR [[Latheefa Koya]] (bekas AJK Angkatan Muda PRM ), AJK pusat PKR yang dilantik [[Ban Ah Kam]] (bekas AJKP PRM yang dilantik), [[Lim Yong Pang]] (bekas AJKP PRM) dan [[TianTai Kim Tat Chua]] (bekas AJKP PRM) memohon kepada mahkahmah untuk PRM dibubarkan, namun Mahkahmah Tinggi mengisytiharkan pembubaranbahawa penolakan ROS terhadap permintaan bekas pemimpin PRM tidaktersebut untuk membubarkan PRM adalah sah kerana ianya hanya boleh dilakukan sekiranya 60% ahlinya mengundi untuk berbuat demikian di dalam kongres khas parti sertadan Kongres khas ini tidak diadakan oleh pemimpin tersebut. Tambahan lagi, pemohon petisyen agar PRM dibubarkan sudah tidak mempunyai ''[[locus standi]]'' kerana mereka telah meninggalkan parti.<ref>[http://www.mmail.com.my/content/10886-parti-rakyat-moves-revitalise-itself Parti Rakyat moves to revitalise itself, 17 Ogos 2009, Malay Mail]</ref> Pendaftaran PRM masih kekal sah sebagai parti politik mengikut [[Pendaftar Pertubuhan]] (ROS)<ref>[http://www.nst.com.my/Current_News/NST/articles/10sesh/Article Parti Rakyat Malaysia still exists says ROS, 2010/02/04, NST]</ref> dan malahan PRM telah terus bertanding di dalam [[Pilihanraya Umum Malaysia 2008]].
