Kelas Conan menerima pelajar baru bernama Ai Haibara. Beliau bertindak agak sejuk dan terpelihara apabila [[Detektif Muda (Detektif MudaConan)|Pasukan Detektif ConanMuda]] cuba berbaik-baik dengan dia, dan Genta notis dia melihat Conan mencurigakan. Beliau memberitahu mereka di mana dia tinggal tetapi Conan tidak sedar ia di rumah Agasa.
Selepas sekolah, seorang budak yang bernama Toshiya meminta [[Detektif Muda (Detektif MudaConan)|Pasukan Detektif ConanMuda]] untuk mencari saudaranya yang hilang. [[Detektif Muda (Detektif MudaConan)|Pasukan Detektif ConanMuda]] bersama-sama dengan rumah Haibara menyiasat Toshiya dan mendapati lukisan Natsume Sōseki. Toshiya mendedahkan bahawa sebelum adiknya hilang, seorang wanita, yang mempunyai kepentingan dalam potret itu, menghampiri Toshiya.
Carian [[Detektif Muda (Detektif Muda)Conan|Pasukan Detektif ConanMuda]] di sekitar bandar untuk bertanya sama ada sesiapa yang telah melihat wanita atau saudara Toshiya. Conan notis bahawa seorang lelaki menggunakan ¥ palsu 1000 dan menyedari saudara Toshiya sebenarnya diculik dan dipaksa untuk membantu mewujudkan bil palsu. Selepas berikutan lelaki itu bersama-sama dengan petunjuk yang saudara Toshiya ditinggalkan, mereka dapat memahami kumpulan jenayah terancang dan menyimpan saudara Toshiya.
Dalam perjalanan pulang, Haibara mendedahkan Conan bahawa dia seorang gadis yang bernama Shiho Miyano, bekas ahli Organisasi Hitam. Dia sebenarnya mengkhianati kumpulan itu dan melarikan diri dengan penggunaan APTX 4869 yang menyebabkan dia menjadi seorang kanak-kanak. Beliau mendedahkan bahawa dia secara tidak sengaja menghantar cakera liut yang mengandungi data mengenai Pertubuhan Hitam kakak dia ... yang kini dalam milikan profesor, kakaknya Masami Hirota.
