Umar wafat pada tiga hari kemudian pada hari Rabu, 3 November 644 (26 ZūlḤijjah 23H) disebabkan luka yang sangat teruk.<ref name="haykal-death">Haykal, 1944. Chapter "Death of Umar".</ref><ref>http://dsc.discovery.com/news/2008/11/18/islamic-inscription-02.html</ref>
Umar dilaporkan meninggalkan wasiat dengan menyuruh anaknya berjumpa dengan Saidatina Aisyah untuk meminta izinnya(Aisyah)untuk dimakamkan bersebelahan Rasulullah SAW.
Umar dilaporkan meninggalkan pesanan berikut:
{{quote|''Berbuat baik dan bermurah hatilah kepada [[Muhajirin]] dan Ansar. Siapa antara mereka yang berbuat baik, berbuat baik jugalah kepada mereka; siapa antara mereka yang berbuat silap, abaikan kesilapan mereka. Berbuat baiklah juga kepada rakyat di kawasan yang ditakluk. Mereka berada di barisan paling hujung dalam pertahanan kita; merekalah sasaran kemarahan dan tekanan musuh kita. Mereka menyumbang kepada pendapatan kita. Mereka hanya perlu dicukai jika terdapat lebihan harta. Berilah belas ihsan kepada kaum Badwi kerana merekalah tulang belakang negara Arab. Saya mengarahkan kamu untuk berbuat baik kepada kaum [[Dzimmi]] kerana mereka adalah tanggungjawab kamu. Jangan kenakan cukai kepada mereka melebihi dari kemampuan mereka. Pastikan yang mereka membayar [[Jizyah]] tanpa sebarang kesukaran. Takutlah kepada Allah, dan apa yang kamu lakukan pastikan dalam keredhaan-Nya. Dalam urusan dengan manusia, takutilah Allah, dan dalam urusan dengan Allah janganlah takut dengan manusia. Berkenaan soal rakyat, saya menggesa kamu untuk memastikan keadilan terjaga. Pastikan hak semua orang dipenuhi. Beri perhatian kepada kebajikan mereka. Peliharalah keselamatan diri dan harta mereka. Pastikan perbatasan negara tidak dilanggar. Ambil langkah yang kuat untuk menjaga sempadan. Berkenaan soal pentadbiran, janganlah melebihkan yang kaya dari yang miskin. Berkeraslah pada siapa yang melanggar hukum. Jangan tunjukkan belas kasihan. Jangan berehat sehingga kamu membawa penjahat ke pengadilan. Layani semua orang sama rata. Jadilah tunggak kekuatan bagi mereka yang lemah dan ditindas. Mereka yang kuat tetapi berbuat salah, pastikan mereka mendapat balasan atas kesalahan yang dilakukannya. Bagi urusan harta rampasan dan lain lagi, hindarilah berat sebelah kepada keluarga sendiri. Jangan jadikan sentimen perhubungan atau kepentingan diri mempengaruhi kamu. Syaitan itu berleluasa; dia akan menggoda kamu. Atasi semua godaan dan lakukan tugas kamu menurut apa yang diperintahkan Islam. Cari panduan daripada Quran dan Sunnah. Mintalah nasihat dari mereka yang bijak di kalangan kamu. Gunakan akal dalam mengendalikan hal yang sukar, dan pohonlah bantuan daripada Tuhan. Bersederhanalah dalam cara hidup dan tabiat kamu. Jangan ada riak dan kesombongan pada diri kamu. Terajuilah hidup sebagai orang Islam yang dicontohi. Memandangkan kamu pemimpin orang Islam, wajari kepimpinan kamu dengan menjadi yang terbaik dari kalangan semua. Semoga Allah merahmati kamu.''}}
Atas permintaan Umar, beliau dimakam di [[Masjid al-Nabawi]] bersama [[Nabi Muhammad]] {{saw}} dan [[Abu Bakar as-Siddiq|khalifah Abu Bakar]] atas keizinan [[Aisyah Abu Bakar|Aisyah]].
[[Saidina Uthman Affan|Saidina Uthman bin Affan]] dilantik menjadi khalifah oleh suatu majlis syura selepas kewafatan Umar.
