Raja Permaisuri SitiTuanku Bainun mendirikan rumah tangga dengan [[Sultan Azlan Muhibbuddin Shah ibni Almarhum Sultan Yussuff Izzuddin Shah]] pada 9 Disember 1955 yang pada ketika itu merupakan seorang Majistret di Kuala Lumpur. Raja Permaisuri Siti Bainun kemudiannya meneruskan kerjayanya sebagai guru, kembali mengajar di sekolahnya terdahulu Raja Permaisuri Siti Bainun dikurniakan lima cahaya mata yang comel dua Putera dan tiga Puteri dan rakyat yang setia.
