Pusat Maklumat Bioteknologi Kebangsaan
Pusat Maklumat Bioteknologi Kebangsaan (National Center for Biotechnology Information, NCBI)[1][2] ialah sebahagian daripada Perpustakaan Perubatan Negara Amerika Syarikat (NLM), cawangan Institut Kesihatan Kebangsaan (NIH). Ia diluluskan dan dibiayai oleh pemerintahan Amerika Syarikat. NCBI terletak di Bethesda, Maryland, dan diasaskan pada 1988 melalui perundangan yang ditaja oleh Ahli Kongres AS Claude Pepper.
 | |
 | |
| Kerangka | |
|---|---|
| Kependekan | NCBI  |
| Jenis/bentuk sah | Institut penyelidikan, perpustakaan data |
| Bahasa rasmi | Inggeris |
| Tapak web | www  |
| Sejarah | |
| Ditubuhkan | 4 November 1988 |
| Pengurusan | |
| Stephen Sherry (sejak 26 September 2022) | |
| Organisasi induk | Perpustakaan Perubatan Negara Amerika Syarikat |
| Gabungan | Perpustakaan Perubatan Negara Amerika Syarikat |
| Lokasi | |
 | |
| Ibu pejabat | Bethesda |
| Lokasi |
|
| Koordinat | 38°59′45″N 77°5′56″W |
sunting · sunting di Wikidata | |
NCBI menempatkan siri pangkalan data yang berkaitan dengan bioteknologi dan bioperubatan, dan merupakan sumber penting untuk alat dan perkhidmatan bioinformatik. Pangkalan data utama termasuk GenBank bagi jujukan DNA dan PubMed, pangkalan data bibliografi kesusasteraan bioperubatan. Pangkalan data lain termasuk pangkalan data NCBI Epigenomics. Semua pangkalan data ini boleh didapati dalam talian melalui enjin carian Entrez. NCBI diarahkan oleh David Lipman,[2] salah seorang pengarang asal program penjajaran jujukan BLAST[3] dan tokoh yang dihormati secara meluas dalam bioinformatik.
GenBank sunting
NCBI mempunyai tanggungjawab untuk menyediakan pangkalan data jujukan DNA GenBank sejak 1992.[4] GenBank menyelaras dengan makmal individu dan pangkalan data jujukan lain, seperti Makmal Biologi Molekul Eropah (EMBL) dan Bank Data DNA Jepun (DDBJ).[4]
Sejak 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan pangkalan data lain sebagai tambahan kepada GenBank. NCBI menyediakan Gene, <i>Online Mendelian Inheritance in Man</i>, Pangkalan Data Pemodelan Molekul (struktur protein 3D), dbSNP (pangkalan data polimorfisme nukleotida tunggal), Koleksi Jujukan Rujukan, peta genom manusia dan pelayar taksonomi serta koordinat dengan Institut Kanser Kebangsaan untuk menyediakan Projek Anatomi Genom Kanser. NCBI memberikan pengecam unik (nombor ID taksonomi) kepada setiap spesies organisma.[5]
NCBI mempunyai alat perisian yang tersedia melalui pelayar Internet atau melalui FTP. Contohnya, BLAST ialah program carian persamaan jujukan. BLAST boleh melakukan perbandingan jujukan terhadap pangkalan data DNA GenBank dalam masa kurang daripada 15 saat.
NCBI Bookshelf sunting
Rak Buku NCBI[6] ialah koleksi buku bioperubatan terpilih yang boleh diakses secara percuma, boleh dimuat turun, versi dalam talian. Rak Buku merangkumi pelbagai topik termasuk biologi molekul, biokimia, biologi sel, genetik, mikrobiologi, keadaan penyakit dari sudut molekul dan selular, kaedah penyelidikan serta virologi. Sesetengah buku ialah versi dalam talian bagi buku yang diterbitkan sebelum ini, manakala yang lain, seperti Coffee Break, ditulis dan disunting oleh kakitangan NCBI.
BLAST sunting
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ialah algoritma yang digunakan untuk mengira persamaan jujukan antara jujukan biologi, seperti jujukan nukleotida DNA dan jujukan asid amino protein.[7] BLAST ialah alat untuk mencari jujukan yang serupa dengan jujukan pertanyaan dalam organisma yang sama atau dalam organisma yang berbeza. Ia mencari urutan pertanyaan pada pangkalan data dan pelayan NCBI, dan menyiarkan keputusan kembali ke penyemak imbas orang itu dalam format yang dipilih. Urutan input kepada BLAST kebanyakannya dalam format FASTA atau GenBank manakala output boleh dihantar dalam pelbagai format seperti HTML, pemformatan XML dan teks biasa. HTML ialah format output lalai bagi halaman web NCBI. Keputusan untuk NCBI-BLAST dibentangkan dalam format grafik dengan semua carian ditemui, jadual dengan pengecam jujukan bagi carian yang mempunyai data berdasarkan pemarkahan, bersama dengan penjajaran untuk jujukan diingini dan carian yang diterima dengan skor BLAST analog untuk ini.[8]
Entrez sunting
Sistem carian Entrez digunakan di NCBI bagi semua pangkalan data utama seperti nukleotida dan jujukan protein, struktur protein, PubMed, taksonomi, genom lengkap, OMIM, dan beberapa yang lain.[9] Entrez ialah sistem pengindeksan dan pemerolehan semula yang mempunyai data daripada pelbagai sumber bagi penyelidikan bioperubatan. NCBI mengedarkan versi pertama Entrez pada tahun 1991, terdiri daripada jujukan nukleotida daripada PDB dan GenBank, jujukan protein daripada SWISS-PROT, terjemahan GenBank, PIR, PRF, PDB, dan abstrak serta petikan yang berkaitan daripada PubMed. Entrez direka khas untuk menyepadukan data daripada beberapa sumber, pangkalan data dan format yang berbeza ke dalam model maklumat seragam dan sistem perolehan yang boleh mendapatkan semula rujukan, jujukan dan struktur yang berkaitan dengan cekap.[10]
Pangkalan data Pubchem sunting
Pangkalan data PubChem NCBI ialah sumber awam molekul dan aktivitinya terhadap bahan biologi. PubChem boleh dicari dan boleh diakses oleh sistem pencarian maklumat Entrez.[11]
Rujukan sunting
- ^ "The Human Genome Project". The New York Times.
- ^ a b "Research Institute Posts Gene Data on Internet". The New York Times. June 26, 1997.
- ^ "Sense from Sequences: Stephen F. Altschul on Bettering BLAST". 2000. Diarkibkan daripada yang asal pada 2007-10-07.
- ^ a b Mizrachi, Ilene (22 August 2007). GenBank: The Nucleotide Sequence Database. National Center for Biotechnology Information (US) – melalui www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ "Home - Taxonomy - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ USA (2019-05-06). "Home - Books - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Dicapai pada 2019-06-12.
- ^ Altschul Stephen; Gish Warren; Miller Webb; Myers Eugene; Lipman David (1990). "Basic local alignment search tool". Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403–410. doi:10.1016/s0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
- ^ Madden T. (2002). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 16, The BLAST Sequence Analysis Tool
- ^ NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D8–D20.
- ^ Ostell J. (2002). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 15, The Entrez Search and Retrieval System
- ^ Wang Y. & Bryant S H. (2014). The NCBI Handbook, 2nd edition, NCBI PubChem BioAssay Database